Skip to content

Somatyczne mutacje CALR w nowotworach mieloproliferacyjnych z niezmutowanym JAK2 AD 2

3 miesiące ago

397 words

Mutacje te dzielą się na dwie główne klasy: mutacje sygnałowe, które aktywują receptor trombopoetynowy (MPL) lub inaktywują negatywne regulatory, takie jak LNK15,16 i mutacje w epigenetycznych regulatorach metylacji DNA (TET2, DNMT3A i IDH1 / 2) 17-20 lub chromatyny struktura (EZH2 i ASXL1) .1,1,22 Jednak te dodatkowe mutacje dotyczą tylko niewielkiej grupy pacjentów, brak jest danych o genomenie, a patogeneza nowotworów mieloproliferacyjnych bez mutacji JAK2 lub MPL pozostaje niejasna. Wykorzystaliśmy masowo równoległe sekwencjonowanie do scharakteryzowania krajobrazu mutacyjnego 151 pacjentów z nowotworami mieloproliferacyjnymi i zidentyfikowaliśmy gen kodujący kalretikulinę (CALR) jako nowy gen nowotworu, który jest zmutowany u większości pacjentów z nowotworami mieloproliferacyjnymi i niezmutowanym JAK2.
Metody
Badanie próbek
Uzyskaliśmy próbki od pacjentów z nowotworami mieloproliferacyjnymi i innymi nowotworami oraz od zdrowych osób po uzyskaniu pisemnej świadomej zgody. Badanie zostało zatwierdzone przez komisję etyczną w każdym uczestniczącym ośrodku badawczym. Do sekwencjonowania egzonu pobrano próbki guza z granulocytów krwi i próbki konstytucyjne z hodowanych komórek T (u 34 pacjentów), izolowane komórki T (w 42) lub wymazy z policzków (w 75). (Dodatkowe szczegóły znajdują się w dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie.) Dokonaliśmy klasyfikacji wszystkich nowotworów mieloproliferacyjnych zgodnie z kryteriami Brytyjskiego Komitetu ds. Standardów w Haematologii.11,12 Rozpoznanie innych nowotworów hematologicznych wykonane zgodnie z kategoriami Światowej Organizacji Zdrowia 2008.13
Sekwencjonowanie DNA, analiza klonalna i ekspresja białka
Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie exome dopasowanego nowotworu i próbek konstytucyjnych DNA przy użyciu standardowych protokołów i przeprowadziliśmy analizy bioinformatyczne w celu identyfikacji nabytych somatycznie mutacji, jak opisano poprzednio.23,24 Potwierdziliśmy obecność wariantów sekwencji somatycznych przy użyciu niestandardowych metod wychwytywania celu i równoległego sekwencjonowania połączonego z ręcznym wyznaczaniem danych. Wykorzystaliśmy sekwencjonowanie Sanger eksonu 9 CALR w połączeniu z analizami exome lub sekwencjonowania genomu w celu określenia statusu mutacji CALR w dodatkowych 1345 nowotworach hematologicznych, w 1517 innych próbkach nowotworowych, oraz w 550 próbkach kontrolnych.
Hodowaliśmy kolonie krwiotwórcze, jak opisano wcześniej, 25 i genotypowaliśmy je, stosując sekwencjonowanie Sangena dla wszystkich mutacji zidentyfikowanych w sekwencjonowaniu egzomu dla tego pacjenta. Konstrukty ekspresyjne, linie komórkowe i inne metody są opisane w Dodatku Uzupełniającym.
Analiza statystyczna
Obliczyliśmy znaczenie mutacji genów rekurencyjnych, biorąc pod uwagę częstotliwość mutacji, rozmiar genu oraz kontekst mutacji i sekwencji
[więcej w: zakrzep przyodbytowego splotu żylnego, choroby przenoszone drogą płciową prezentacja, dyżury aptek suwałki ]

0 thoughts on “Somatyczne mutacje CALR w nowotworach mieloproliferacyjnych z niezmutowanym JAK2 AD 2”

Powiązane tematy z artykułem: choroby przenoszone drogą płciową prezentacja dyżury aptek suwałki zakrzep przyodbytowego splotu żylnego