Skip to content

Somatyczne mutacje CALR w nowotworach mieloproliferacyjnych z niezmutowanym JAK2 AD 3

3 miesiące ago

420 words

Wartości P zostały skorygowane dla fałszywej szybkości odkrycia i są wyrażone jako wartość aq, z wartością mniejszą niż 0,05 wskazującą istotność statystyczną. Heterogeniczność klonalna została wywiedziona z danych sekwencjonowania egzemicznego na podstawie bayesowskiego procesu Dirichlet26. Oceniliśmy statystyczną istotność różnic między podtypami nowotworów mieloproliferacyjnych przy użyciu standardowych metod, które są szczegółowo opisane w dodatkowym dodatku. Wyniki
Mutacyjny krajobraz u pacjentów
Przeanalizowaliśmy wyniki sekwencjonowania exome DNA z granulocytów i konstytucyjnego DNA uzyskanego z oczyszczonych limfocytów T lub komórek policzkowych u 168 pacjentów z nowotworami mieloproliferacyjnymi. Identyfikacja odpowiednich próbek DNA konstytucyjnego jest wyzwaniem dla pacjentów z nowotworami mieloproliferacyjnymi, ponieważ krążące limfocyty T i komórki policzkowe mogą być zanieczyszczone przez komórki nowotworowe (ryc. S1 w dodatku uzupełniającym). W przypadku pacjentów z mutacją JAK2 V617F, zmierzono obciążenie allelem JAK2 V617F, stosując oznaczenie ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) w celu zidentyfikowania zanieczyszczonych próbek konstytucyjnego DNA, przy czym kultury komórek T in vitro były niezbędne w niektórych przypadkach. W przypadkach, w których konstytucyjne DNA było ograniczone, zastosowanie kombinacji niezampfilmowanego i amplifikowanego w całości genomu DNA poprawiło pokrycie egzogeniczne (ryc. S2 w dodatkowym dodatku). Opracowaliśmy przepływ pracy z bioinformatyką, aby umożliwić identyfikację somatycznych wariantów o wysokiej wiarygodności (ryc. S3 w dodatkowym dodatku), i uzupełniliśmy to ortogonalną weryfikacją mutacji poprzez ukierunkowane resekwencjonowanie i ręczną kurację.
Spośród 168 próbek nowotworów mieloproliferacyjnych, które zostały zsekwencjonowane, 151 próbek (48 próbek czerwienicy prawdziwej, 62 z nadpłytkowości samoistnej, 39 z mielofibrosa i 2 z nieklasyfikowalnych nowotworów mieloproliferacyjnych) spełniło kryteria bioinformatyczne i zostały przejęte do analizy (ryc. S3 oraz tabelę S1 w dodatkowym dodatku). Średni zasięg sekwencjonowania egzo wynosił 141 ×.
Ryc. 1. Ryc. 1. Profil Mutacyjny 151 Mieloproliferacyjnych Nowotworów. Panel A pokazuje liczbę i typ mutacji zidentyfikowanych na sekwencjonowaniu egzomu w każdej próbce uzyskanej od 151 pacjentów z nowotworami mieloproliferacyjnymi. Wśród tych pacjentów było 48 osób z czerwienicą prawdziwą (PV), 62 z nadpłytkowością samoistną (ET), 39 z mielofibrozą (MF) i 2 z niesklasyfikowanymi nowotworami mieloproliferacyjnymi (MPN-U). Rodzaj mutacji jest wskazany w kluczu w każdym panelu; kręgi poniżej wykresów wskazują na status mutacji pacjentów: JAK2, MPL lub brak mutacji JAK2 lub MPL. Pokazano również liczbę mutacji somatycznych w mutacjach genu rekombinowanego w tym badaniu, jak również w genach, o których wcześniej doniesiono, że są zmutowane w nowotworach mieloproliferacyjnych, zgodnie z typem mutacji (Panel B) i podtypem nowotworu mieloproliferacyjnego (Panel C)
[podobne: ile kosztuje wazektomia, eskulap mosina, polypus hyperplasticus ]

0 thoughts on “Somatyczne mutacje CALR w nowotworach mieloproliferacyjnych z niezmutowanym JAK2 AD 3”

Powiązane tematy z artykułem: eskulap mosina ile kosztuje wazektomia polypus hyperplasticus